เชื้อโรคฉี่หนูเข้าสู่ร่างกายคนผ่านทางผิวหนังที่มีบาดแผลหรือมีรอยขีดข่วน หรืออาจไชเข้าทางผิวหนังปกติที่เปียกชุ่มจากการแช่น้ำนานๆ หรือไชเข้าทางเยื่อบุต่างๆ เช่น เยื่อบุตา จมูก ปาก ดังนั้นการดื่มน้ำหรืออาหารที่ปนเปื้อนเชื้อโรคก็อาจติดเชื้อได้ นอกจากนี้การสูดหาย ใจเอาละอองปัสสาวะที่มีเชื้อโรคก็อาจจะติดเชื้อได้อีกด้วย คนที่ติดเชื้อโรคฉี่หนูติดได้จากหลายทาง คือ

1. การสัมผัสปัสสาวะ เลือด หรือเนื้อเยื่อ จากสัตว์โดยตรง
2. การสัมผัสกับเชื้อโรคที่อยู่ในสิ่งแวดล้อม เชื้อโรคที่อาศัยอยู่ในท่อไตของสัตว์สามารถมีชีวิตอยู่ได้นานเป็นเดือนหรือเป็นปี เชื้อจะถูกขับออกมากับปัสสาวะของสัตว์ และปนเปื้อนอยู่ในแหล่งน้ำต่างๆ เช่น น้ำท่วมขัง น้ำตก แม่น้ำลำคลอง รวมทั้งดิน โคลน ได้นานหลายเดือน เคยมีรายงานว่าอยู่ได้นานถึง 6 เดือนในที่น้ำท่วมขัง โดยมีปัจจัยแวดล้อมเหมาะสม เช่น มีความชื้น แสงแดดส่องไม่ถึง และมีความเป็นกรดปานกลาง มักจะพบการระบาดในเดือนตุลาคมและพฤศจิกายน เนื่องจากเป็นฤดูฝนต่อหนาว มีน้ำขังได้สูง
3. การติดต่อจากคนสู่คนพบได้น้อยมาก ที่อาจพบได้คือ ผ่านทางการมีเพศสัมพันธ์ ผ่านทางหญิงตั้งครรภ์ไปสู่ทารกในครรภ์ และผ่านทางน้ำนมไปสู่ลูก

ทั้งนี้ บุคคลกลุ่มที่เสี่ยงต่อการติดเชื้อโรค ได้แก่ เกษตรกร ชาวไร่ ชาวนา ชาวสวน คน งานฟาร์มเลี้ยงสัตว์ กรรมกรขุดท่อระบายน้ำเหมืองแร่ คนงานโรงฆ่าสัตว์ สัตวแพทย์ เจ้าหน้าที่ห้องทดลอง ร้านขายสัตว์เลี้ยง ทหาร/ตำรวจที่ปฏิบัติงานตามป่าเขา
ในกลุ่มประชาชนทั่วไป มักเกิดเมื่อมีน้ำท่วม บ้านมีหนูมาก ผู้ที่ปรุงอาหาร หรือรับประ ทานอาหารที่ไม่สุก หรือปล่อยอาหารทิ้งไว้โดยไม่ปิดฝา
ในประเทศที่พัฒนาแล้ว มักจะเจอในกลุ่มบุคคลที่ทำกิจกรรมพักผ่อนทางน้ำ เช่น เล่นเรือแคนู วินเซิร์ฟ และสกีน้ำ