เมื่อรับประทานยาคุมกำเนิดฉุกเฉินแล้ว ร่างกายจะมีปริมาณฮอร์โมนที่สูงขึ้นอย่างมากเพื่อป้องกันการฝังตัวของตัวอ่อน และเมื่อหยุดรับประทานยาแล้วโดยมากประมาณ 1 สัปดาห์ต่อมาจะมีเลือดออกทางช่องคลอด ซึ่งเลือดจะออกเร็วหรือช้า ปริมาณจะมากหรือน้อยนั้นขึ้นกับว่ารับประทานยาตรงกับช่วงใดของรอบประจำเดือน และเมื่อรับประทานยาไปแล้วบางรายอาจประจำเดือนมาเร็ว มาช้า หรือประจำเดือนขาดไปซึ่งทำให้คาดคะเนเรื่องการตั้งครรภ์ได้ยาก หากรับประทานยาคุมฉุกเฉินบ่อยครั้งอาจมีผลให้ระบบฮอร์โมนแปรปรวนอย่างมาก และมีประจำเดือนผิดปกติได้มาก อาจไม่มีประจำเดือนมานานเป็นเดือนๆ

ยาปรับประจำเดือนหรือยาปรับฮอร์โมนที่กล่าวถึงน่าจะเป็นฮอร์โมนในกลุ่มเดียวกันหรือเสริมฤทธิ์กับยาคุมฉกำเนิดฉุกเฉิน ทำให้ในระหว่างรับประทานยาร่างกายน่าจะมีฮอร์โมนในระดับที่สูงขึ้นไปอีก และทำให้ประจำเดือนมาช้าออกไป หรืออาจจะแปรปรวนมาก แนะนำว่าไม่ควรซื้อยาใดมารับประทานเองอีกเพราะอาจทำให้ระบบฮอร์โมนผิดปกติมากเกินไป ควรปรึกษาสูตินรีแพทย์ค่ะ