ยาคุมกำเนิดฉุกเฉิน เป็นฮอร์โมนโปรเจสเตอร์โรนในระดับสูง ซึ่งใช้ในการป้องกันการตั้งครรภ์โดยมีกลไกคือ ฮอร์โมนระดับสูงนี้จะไปเปลี่ยนแปลงมูกที่ปากมดลูกทำให้อสุจิเคลื่อนตัวได้ไม่ดี และเปลี่ยนแปลงเยื่อบุโพรงมดลูกเพื่อให้ไม่เหมาะสมในการฝังตัวของตัวอ่อน เมื่อรับประทานยาเข้าไปแล้วร่างกายจะมีฮอร์โมนนี้ในระดับสูงมากอยู่ระยะหนึ่ง และปริมาณฮอร์โมนจะค่อยๆลดลง และทำให้เยื่อบุโพรงมดลูกนั้นหลุดลอกออกมาคล้ายกับการเป็นประจำเดือน โดยมักจะมีเลือดออกหลังรับประทานยาไปแล้วประมาณ 1 สัปดาห์ ซึ่งถือเป็นผลจากยา ไม่ได้นับเป็นรอบประจำเดือน และหลังรับประทานยาแล้ว อาจทำให้ประจำเดือนมาคลาดเคลื่อนไปจากปกติ บางรายอาจจะมาเร็ว มาช้าซึ่งอาจจะคลาดเคลื่อนไปได้นานเป็นเดือน โดยเฉพาะผู้ที่รับประทานยาบ่อยๆ เนื่องจากฮอร์โมนที่รับประทานเข้าไปมีผลทำให้ฮอร์โมนในร่างกายแปรปรวนไปอย่างมาก ลักษณะเช่นนี้ทำให้การคาดคะเนเรื่องการตั้งครรภ์หรือการมีประจำเดือนเป็นไปได้ยาก

ดังนั้นเลือดที่ออกหลังจากรับประทานยาคุมกำเนิดฉุกเฉินจึงไม่ได้ถิอว่าผิดปกติ แต่ระหว่างนี้การคาดคะเนเรื่องการตกไข่ การตั้งครรภ์ หรือการเป็นประจำเดือนรอบถัดไปอาจจะคลาดเคลื่อนไปจากเดิม หากจะมีเพศสัมพันธ์จึงควรป้องกันให้ดีหากยังไม่พร้อมจะมีบุตร เช่น การใช้ถุงยางอนามัย ไม่แนะนำให้รับประทานยาคุมฉุกเฉินติดต่อกันมากกว่าเดือนละ 2 ครั้ง เนื่องจากจะทำให้ฮอร์โมนในร่างกายแปรปรวนมากและอาจทำให้ประจำเดือนผิดปกติอย่างมาก และการคุมกำเนิดด้วยวิธีนี้ควรใช้เฉพาะในกรณีฉุกเฉินเท่านั้น เพราะประสิทธิภาพในการป้องกันการตั้งครรภ์น้อยกว่าเมื่อเปรียบเทียบกับวิธีอื่น แม้รับประทานอย่างถูกต้องและตรงเวลาก็ยังมีโอกาสเกิดการตั้งครรภ์ได้ และหากตั้งครรภ์ในระหว่างที่ใช้ยาคุมฉุกเฉินจะเพิ่มความเสี่ยงในการตั้งครรภ์นอกมดลูกมากกว่าคนปกติ ดังนั้นหากมีเพศสัมพันธ์สม่ำเสมอ และยังไม่พร้อมจะมีบุตรแนะนำให้การคุมกำเนิดที่มีประสิทธิภาพดีกว่า เช่น ยาคุมกำเนิดชนิดฮอร์โมนรวม (แบบ 21 หรือ 28 เม็ด) ซึ่งสามารถคุมกำเนิดได้ดี และยังมีประโยชน์ในเรื่องการควบคุมรอบประจำเดือนให้สม่ำเสมอ ลดอาการปวดประจำเดือน และบางชนิดสามารถช่วยลดการเกิดสิว หรืออาจจะเลือกใช้การคุมกำเนิดด้วยถุงยางอนามัย ซึ่งนอกจากสามารถป้องกันการตั้งครรภ์ได้ดี ยังสามารถป้องกันการเกิดโรคติดต่อทางเพศสัมพันธ์ เช่น โรคเอดส์ได้ค่ะ