ยาคุมกำเนิดฉุกเฉินเป็นฮอร์โมนระดับสูง ซึ่งมีผลไปเปลี่ยนแปลงมูกที่ปากมดลูกและป้องกันการฝังตัวของตัวอ่อน หลังรับประทานยาคุมกำเนิดฉุกเฉินไปแล้วประมาณ 1 สัปดาห์จะมีเลือดออกทางช่องคลอดซึ่งเป็นผลจากฮอร์โมนที่มีอยู่ในยา และเมื่อรับประทานยาคุมกำเนิดฉุกเฉินบางรายมีประจำเดือนมาปกติ แต่บางรายอาจจะทำให้ประจำเดือนมาเร็ว บางรายมาช้ากว่าปกติหรือขาดประจำเดือน จึงทำให้การคาดคะเนการตั้งครรภ์เป็นไปได้ยาก ส่วนปริมาณเลือดที่ออกมานั้นอาจจะมากหรือน้อยขึ้นกับระยะเวลาการรับประทานยาว่าตรงกับช่วงใดของรอบประจำเดือน หรือหากรับประทานบ่อยๆอาจทำให้ประจำเดือนไม่มาได้นานเป็นเดือน แต่อย่างไรก็ตามการรับประทานยาคุมกำเนิดฉุกเฉินนั้นถึงแม้จะรับประทานอย่างถูกวิธีและตรงเวลาก็ยังมีโอกาสเกิดการตั้งครรภ์ได้ บางรายงานอาจจะพบได้สูงถึง 25% ดังนั้นหากเลือดที่ออกมีลักษณะกะปริบกะปรอย ผิดปกติไปจากเดิมควรตรวจการตั้งครรภ์ดูด้วยเพื่อความมั่นใจ