หลังรับประทานยาคุมกำเนิดฉุกเฉินไปแล้วประมาณ 1 สัปดาห์จะมีเลือดออกทางช่องคลอดซึ่งเป็นผลจากฮอร์โมนที่มีอยู่ในยา และเมื่อรับประทานยาคุมกำเนิดฉุกเฉินบางรายมีประจำเดือนมาปกติ แต่บางรายอาจจะทำให้ประจำเดือนมาช้า หรือมาเร็วกว่าปกติ หรือหากรับประทานบ่อยๆอาจทำให้ประจำเดือนไม่มาได้นานเป็นเดือน ส่วนปริมาณเลือดที่ออกมานั้นอาจจะมากหรือน้อยขึ้นกับระยะเวลาการรับประทานยาว่าตรงกับช่วงใดของรอบประจำเดือน และการรับประทานยาคุมกำเนิดฉุกเฉินควรใช้สำหรับกรณีฉุกเฉินเท่านั้น ไม่ควรใช้บ่อยเกิน 2 คั้งต่อเดือน แต่มีบางการวิจัยแนะนำวาาไม่ควรเกินใช้ 3 ครั้ง ตลอดชีวิต เนื่องจากมีระดับฮอร์โมนที่สูงมาก และการที่รับประทานเกินขนาดที่แนะนำ จะทำให้ระดับฮอร์โมนในร่างกายเปลี่ยนแปลงอย่างมาก จนทำให้รอบเดือนผิดปกติไป บางรายอาจไม่มาเลยเป็นเดือน ๆ แต่อย่างไรก็ตามการรับประทานยาคุมกำเนิดฉุกเฉินนั้นถึงแม้จะรับประทานอย่างถูกวิธีและตรงเวลาก็ยังมีโอกาสเกิดการตั้งครรภ์ได้ ดังนั้นหากมีความจำเป็นที่จะต้องใช้ยาคุมกำเนิดมากกว่่าเดือนละ 1 ครั้งจึงแนะนำให้ใข้การคุมกำเนิดที่มีประสิทธิภาพมากกว่่า เช่น ยาคุมกำเนิดชนิดฮอร์โมนรวม (แบบ 21 หรือ 28 เม็ด) ซึ่งนอกจากจะคุมกำเนิดได้ดีแล้วยังมีประโยชน์ในเรื่องการควบคุมประจำเดือนให้มาเป็นรอบปกติ ลดอาการปวดประจำเดือน หรือบางยี่ห้อสามารถการลดสิว ผิวมัน ขนดก กลุ่มอาการก่อนเป็นประจำเดือนโดยอาจจะใช้ร่วมกับถุงยางอนามัยเพื่อป้องกันโรคติดต่อทางเพศสัมพันธ์ได้ด้วยค่ะ

ชุดทดสอบการตั้งครรภ์โดยการตรวจปัสสาวะมีความไวในการทดสอบแตกต่างกัน บางชนิดสามารถตรวจพบการตั้งครรภ์ได้ตั้งแต่ประจำเดือนขาดไปเพียง 1 วัน โดยมากจะสามารถตรวจพบการตั้งครรภ์ได้แม่นยำเมื่อประจำเดือนขาดไปอย่างน้อย 1 สัปดาห์แต่เนื่องจากคุณรับประทานยาคุมกำเนิดฉุกเฉินติดต่อกัน 2 เดือนอาจมีผลทำให้ประจำเดือนผิดปกติและคาดคะเนการตั้งครรภ์ได้ยาก อาการที่เกิดขึ้นอาจเป็นได้ทั้งกลุ่มอาการก่อนการมีประจำเดือนและอาการจากการตั้งครรภ์ ดังนั้นแนะนำให้รอสังเกตอาการก่อนประมาณ 1-2 สัปดาห์ถ้าหากยังไม่มีประจำเดือนมาให้ทดสอบการตั้งครรภ์ซ้ำ ถ้าหากยังไม่พบการตั้งครรภ์แสดงว่าไม่น่าจะตั้งครรภ์จริง และถ้าประจำเดือนขาดไปนานเกิน 1 เดือนควรปรึกษาแพทย์เพื่อรับยาปรับประจำเดือนค่ะ