สาเหตุของการมีประจำเดือนคลาดเคลื่อนนั้น สิ่งที่ต้องคิดถึงเป็นสิ่งแรกหากมีเพศสัมพันธ์โดยไม่ได้คุมกำเนิกอย่างมีประสิทธิภาพก็คือภาวะการตั้งครรภ์ค่ะ แต่หากไม่ใช่การตั้งครรภ์ก็อาจมีสาเหตุจากมีภาวะบางอย่างทำให้ไข่ไม่ตก ไม่มีฮอร์โมนโปรเจสเตอโรนที่จะทำให้เป็นประจำเดือนตามรอบที่ควรจะเป็น เช่น

• ภาวะเครียด ความวิตกกังวล การพักผ่อนไม่เพียงพอ
• น้ำหนักเปลี่ยนแปลงรวดเร็ว น้ำหนักเพิ่มขึ้นหรือลดน้ำหนักอย่างรวดเร็ว
• การออกกำลังกายอย่างหักโหม
• รับประทานยาหรือสารบางอย่างที่ออกฤทธิ์คล้ายออร์โมน
• ภาวะต่อมไทรอยด์เป็นพิษ
• กลุ่มอาการที่เกิดจากถุงน้ำที่รังไข่หรือ polycystic ovarian syndromes (PCOS) มักพบในรายที่มีน้ำหนักตัวมาก มีภาวะอ้วน สิว ผิวมัน ขนดกคล้ายผู้ชาย ซึ่งเป็นผลจากฮอร์โมนเพศชายที่สูงขึ้นจากการทำงานของรังไข่ที่ผิดปกติ และมีภาวะไข่ไม่ตกตามปกติ จึงทำให้ไม่มีประจำเดือนหรือประจำเดือนมาน้อย มาห่างกว่าปกติ