หนองใน (แท้) เกิดจากเชื้อแบคทีเรียที่เรียกว่า ไนซีเรีย โกโนคอคไค สามารถรักษาให้หายขาดได้ด้วยยาปฏิชีวนะ (ยาแก้อักเสบ) ที่ดีที่สุดคือยาฉีด ceftriaxone 250 mg ฉีดเข้ากล้ามเนื้อเข็มเดียว ได้ผลร้อยละ 95 ขึ้นไปครับ ส่วนหนองในเทียม เกิดจากเชื้อหลายชนิด ที่พบมากคือเชื้อคลามัยเดียและมัยโคพลาสมา ที่สำคัญคือประมาณ 10 % ยังไม่ทราบสาเหตุ รักษาโดยให้ยาปฏิชีวนะ (ยาแก้อักเสบ)ที่ได้ผลดีคือ ด็อกซี่ซัยคลีน หรือ อิริโทรมัยซิน ซึ่งในคำแนะนำของต่างประเทศ เช่น อเมริกาหรือยุโรปจะแนะนำให้กิน 1 อาทิตย์ แต่จากประสบการ์ณในประเทศไทยพบว่าถ้าให้กิน 2 อาทิตย์จะได้ผลดีกว่า ในปัจจุบันอาจมียาที่กินครั้งเดียว คือ อะซิโทรมัยซิน 1 กรัม แต่จะได้ผลน้อยกว่า ในกรณีที่เป็นๆหายๆ โดยทั่วไปมักเกิดจากการไปติดเชื้อใหม่ หรืออาจจะมีความผิดปกติจากสาเหตุอื่นๆ นอกจากนี้แนะนำว่าควรจะตรวจเลือดเอดส์และซิฟิลิส เพราะมีการศึกษาพบว่าในชายรักร่วมเพศจะมีความเสี่ยงมากกว่าชายทั่วไปหลายเท่า สามารถใช้สิทธิบัตรทองหรือประกันสังคม ไม่ต้องเสียค่าตรวจครับ