หนองใน (แท้) เกิดจากเชื้อแบคทีเรียที่เรียกว่า ไนซีเรีย โกโนคอคไค สามารถรักษาให้หายขาดได้ด้วยยาปฏิชีวนะ (ยาแก้อักเสบ) ที่ดีที่สุดคือยาฉีด ceftriaxone 250 mg ฉีดเข้ากล้ามเนื้อเข็มเดียว ได้ผลร้อยละ 95 ขึ้นไปครับ หนองในเทียม เกิดจากเชื้อหลายชนิด ที่พบมากคือเชื้อคลามัยเดียและมัยโคพลาสมา ที่สำคัญคือประมาณ 10 % ยังไม่ทราบสาเหตุ รักษาโดยให้ยาปฏิชีวนะ (ยาแก้อักเสบ)ที่ได้ผลดีคือ ด็อกซี่ซัยคลีน หรือ อิริโทรมัยซิน กินประมาณ 2 อาทิตย์
ในปัจจุบันอาจมียาที่กินครั้งเดียว คือ อะซิโทรมัยซิน 1 กรัม แต่จะได้ผลน้อยกว่า ในกรณีที่เป็นๆหายๆ โดยทั่วไปมักเกิดจากการไปติดเชื้อใหม่ จากคู่นอน ซึ่งในผู้หญิงไม่ค่อยมีอาการผิดปกติและไม่รู้ว่าเป็นโรค เพราะฉะนั้นต้องรักษาทั้งคู่ การวินิจฉัยใช้การย้อมสีและเพาะเชื้อ ในปัจจุบันสามารถตรวจจากปัสสาวะได้ เรียกว่าวิธี NAAT เป็นการตรวจสารพันธุ์กรรม แต่มักจะทำในงานวิจัข เนื่องจากมีราคาแพงและไม่มีในห้องแล็บทั้วไป