โดยปกติตัวอ่อนที่เกิดจากการปฏิสนธิจะเคลื่อนที่ไปฝังตัวในโพรงบมดลูกช่วงวันที่ 6 หลังปฏิสนธิ แต่อาจจะฝังตัวที่ท่อนำไข่ก่อนได้ หรือถ้าไม่ฝังตัวที่ใดเลยก็อาจจะย่อยสลายไปถ้าสภาวะแวดล้อมไม่เหมาะสมต่อการฝังตัวเลย การที่ตัวอ่อนที่เกิดจากการปฏิสนธิแล้วเดินทางไปไม่ถึงตำแหน่งที่ปกติสำหรับการฝังตัวหรือก็คือที่ผนังโพรงมดลูก อาจเกิดจากสาเหตุของท่อนำไข่ที่มีความยาวมากผิดปกติ การบีบรัดตัวของท่อนำไข่ที่ช้ามากกว่าปกติเนื่องมาจากการทานยาคุมฉุกเฉิน ซึ่งผลของฮอร์โมนโปรเจสโตรเจนที่มีขนาดสูงมากในยาเม็ดคุมกำเนิดฉุกเฉินจะทำให้ท่อนำไข่มีการบีบรัดตัวที่ช้าลง อาจจะส่งผลให้ตัวอ่อนที่เกิดจากการปฏิสนธิมีการฝังตัวที่ท่อนำไข่ไปเลย หรือที่เรียกว่าการตั้งครรภ์นอกมดลูก ซึ่งเป็นการตั้งครรภ์ที่ผิดปกติ เมื่อตัวอ่อนมีการเจริญเติบโต ท่อนำไข่จะโป่งพองออก และแตกในที่สุด คนไข้จะมีอาการปวดท้องที่รุนแรงมาก และมีเลือดออกภายในช่องท้อง มีอาการช็อก จนต้องมารับการผ่าตัดฉุกเฉิน

สำหรับยา postinor ซึ่งเป็นยาคุมฉุกเฉินที่นิยมใช้กันทั่วไปจะมีคุณสมบัติที่ทำให้ผนังเยื่อบุโพรงมดลูกมีสภาวะไม่้หมาะสมต่อการฝังตัวของตัวอ่อน และจะส่งผลที่มูกปากมดลูกทำให้เหนียวข้นจนอสุจิผ่านไม่ได้ และมีผลที่ท่อนำไข่ทำให้การเคลื่อนไหวช้าลงมาก ฮอร์โมนในยาเม็ดคุมกำเนิดฉุกเฉิน จะเป็นฮอร์โมนโปรเจสโตรเจนในขนาดสูงมาก ไม่เหมือนกับฮอร์โมนโปรเจสเตอโรนทื่สร้างจากรังไข่หรือเนื้อรกในขณะที่ตั้งครรภ์เพราะมีการสร้างขึ้นอย่างช้าๆ ค่อยเป็นค่อยไป ค่อยๆ เพิ่มปริมาณทีละน้อยโดยเกิดขึ้นพร้อมๆ กับในขณะที่ตัวอ่อนมีการฝังตัวลงไปที่ผนังเยื่อบุโพรงมดลูกที่ถูกเตรียมมาก่อนโดยฮอร์โมนเอสโตรเจนแล้ว กระบวนการที่ค่อยเป็นค่อยไปจากการสร้างฮอร์โมนตามธรรมชาติของการตั้งครรภ์ จะแตกต่างโดยสิ้นเชิงจากยาฮอร์โมนในยาคุมฉุกเฉินที่กินเข้าไปในเวลาสั้นๆ ปริมาณมากถึง 4 เม็ด ซึ่งจะออกฤทธิ์อย่างรุนแรงและรวดเร็ว ซึ่งจะไม่ได้ทำให้ผนังเยื่อบุโพรงมดลูกแน่นขึ้น เพราะช่วงที่กินยาฉุกเฉินผนังเยื่อบุโพรงมดลูกอาจจะไม่ได้ถูกเตรียมพร้อมโดยฮอร์โมนเอสโตรเจนมาก่อน ซึ่งทำให้ผนังเยื่อบุโพรงมดลูกหนาตัวมาก่อน จึงไม่ได้ืำให้เกิดความแน่นขึ้นตามหลังการทานยาแต่อย่างใด ไม่เหมือนกระบวนการตามธรรมชาตินั่นเอง